Setiap siswa SMA Pesantren Unggul Al-Bayan Anyer harus mengikuti satu ekstrakurikuler wajib dan satu ekstrakurikuler pilihan sesuai dengan minat dan bakatnya. Terdapat 57 kegiatan ekstrakurikuler di Al-Bayan Anyer sebagai penyaluran hobi dan pengembangan diri siswa. Selain itu, ekstrakurikuler menjadi jembatan dalam berprestasi yang diharapkan menjadi bahan pendukung dalam portofolio untuk bisa diterima di perguruan tinggi negeri favorit melalui jalur prestasi.